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... 新型冠狀病毒SARS-CoV-2的持續流行引起了全球的極大關注。目前，新冠肺炎疫情已擴散至201個國家和地區，全球確診病例累計超過超51萬例。各國研究人員及相關機構正在加速推進治療方法的開發及臨床試驗的進行。 3月26日，復旦大學張永振教授及雪梨大學Edward Holmes教授在Cell上發表評論文章「A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2」，對已有的SARS-CoV-2基因組數據進行了綜述分析，並討論了對該病毒起源的了解。 ... 據文章介紹，首批報告的COVID-19病例與武漢華南海鮮和野生動植物市場存在重要的早期關聯。在幾年前，張永振教授團隊曾訪問過該市場，該市場出售多種哺乳動物。鑒於SARS-CoV-2具有人畜共患的起源，因此與這種「濕」市場的聯繫應該不足為奇。同時，從市場獲得的「環境樣本」的基因組序列（可能是表面），以及系統發育分析表明，它們與最早的武漢患者樣本中的病毒密切相關。但目前缺乏直接的動物採樣，很難明確這些環境樣本中的病毒是來自該市場的動物，還是被已感染患者傳播到市場的。需要注意的是，並非所有早期案例都與該市場相關，因此病毒的起源可能比最初懷疑的更為複雜。 ... 張永振教授等在武漢華南海鮮市場拍攝的照片，來源：Cell 2020年1月11日，張永振教授與Edward Holmes教授合作，在開放式病毒學網站公布了第一個SARS-CoV-2完整基因組序列，這株病毒分離自武漢在12月底收治的一位新冠肺炎患者。初步分析顯示，該病毒與SARS樣病毒密切相關。目前，已有約200個公開發布的SARS-CoV-2基因組序列，促進了診斷檢測的快速開發，並有助於研發有效疫苗和抗病毒藥。 SARS-CoV-2與其他冠狀病毒的比較 最早的基因組數據表明，SARS-CoV-2是β冠狀病毒的成員，屬於SARS-CoV的亞屬（Sarbecovirus）。初步比較顯示，SARS-CoV-2在核苷酸水平上與SARS-CoV相似度約為79％，且兩者的刺突（S）蛋白核苷酸序列相似性約為72％。此外，SARS-CoV-2的長複製酶ORF1ab基因長度超過21kb，包含16個預測的非結構蛋白和許多下游開放閱讀框（ORF），其功能可能與SARS-CoV相似。 相比之下，SARS-CoV-2與在雲南蝙蝠體內發現的冠狀病毒RaTG13的核苷酸序列相似性約為96％。由於基因之間的相似性模式差異很大，以及考慮到密切的進化關係，SARS-CoV-2基因組結構類似於其他β冠狀病毒的基因結構很容易理解。 但同時，SARS-CoV-2與RaTG13在基因組的許多關鍵特徵上有所不同。其中最關鍵的差別是，在新冠病毒S蛋白的S1和S2亞基之間有一個特殊蛋白酶切割位點（殘基PRRA）。雖然在其他人類冠狀病毒以及高致病性禽流感病毒株中也存在類似的多鹼基插入，但相關的β冠狀病毒中並未出現這種插入現象，研究人員猜測這可能與增加冠狀病毒感染力有關。此外，受體結合結構域（RBD）與病毒感染人體細胞的能力有密切關係，SARS-CoV-2和RaTG13的RBD相似度僅約85％，並且僅共享六個關鍵胺基酸殘基中的一個。序列和結構比較均表明，SARS-CoV-2 RBD非常適合與人ACE2受體結合，這與SARS-CoV相似。 SARS-CoV-2的起源與隱秘傳播 更重要的是，在2019年從雲南另一隻蝙蝠中獲取的病毒RmYN02中，研究人員觀察到S1 / S2裂解位點上胺基酸PAA的獨立插入，這些插入事件可能反映了冠狀病毒自然進化過程的一部分。 目前，SARS-CoV-2的起源並不清楚。文章作者認為，對於多種冠狀病毒而言，蝙蝠無疑是重要的儲藏庫。但蝙蝠在SARS-CoV-2人畜共患起源中所起的確切作用尚未確定。儘管SARS-CoV-2與SARS-CoV密切相關，序列相似性為96％~97％，但實際上這可能代表了20多年的序列進化。幾乎可以肯定的是，更多的採樣甚至將發現與SARS-CoV-2親緣關係更近的其他蝙蝠病毒。其中一個關鍵問題是，這些病毒或其他任何動物的病毒是否包含關鍵的RBD突變以及與SARS-CoV-2中相同的蛋白酶切割位點插入，這些問題或有助於確定SARS-CoV-2的起源。 此外，SARS-CoV-2與已有冠狀病毒的生物學差異很明顯。SARS-CoV-2的傳染性明顯更高，其流行病學動態與SARS-CoV完全不同。當務之急是確定支撐SARS-CoV-2驚人傳播能力的病毒學特徵。 儘管蝙蝠很可能是該病毒的儲存宿主，但它們與人類之間的一般存在生態隔離，其他哺乳動物很可能充當病毒的「中間」宿主。在此期間，SARS-CoV-2能夠獲得有效的人類傳播所需的部分或全部突變。為確定這些可能的中間宿主，很多國內外研究團隊進行了追蹤研究。近日，管軼教授與胡艷玲教授聯合研究團隊在Nature發布了一項重磅研究成果，研究團隊在非法進口到中國南部的馬來穿山甲中發現了與SARS-CoV-2密切相關的病毒，序列相似性約為85%~92%。但迄今鑑定出的所有穿山甲冠狀病毒序列中，都缺少在SARS-CoV-2中觀察到的一種特異性改變，因此仍難以確定它們在SARS-CoV-2感染人類過程中的作用。 研究作者認為，不能排除SARS-CoV-2在一段時期內獲得了一些關鍵突變。該病毒可能比預期的更早在人群中出現，但由於無癥狀感染（具有輕度呼吸道癥狀）而未被發現。在隱性傳播期間，該病毒可能逐漸獲得了關鍵突變，包括RBD和蛋白酶切割位點插入，使其能夠完全適應人類。顯然，呼吸道感染的回顧性血清學或宏基因組學研究對確定這種情況是否正確還有很長的路要走。 參考資料： A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2, Cell. DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.035 https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30328-7#main-menu
內容簡介
作者介紹
目錄
序
詳細資料
- ISBN：9789865789947
- 叢書系列：
- 規格：平裝 / 204頁 / 25k正 / 14.8 x 21 cm / 普通級 / 單色印刷 / 初版
- 出版地：台灣
- 本書分類：> >
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文章來源取自於：
每日頭條 https://kknews.cc/health/v5x5mk4.html
博客來 https://www.books.com.tw/exep/assp.php/888words/products/0010706194
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